Pejabat pentadbiran Kolej Tan Sri Mustaffa Babjee merupakan nadi kepada segala pentadbiran yang melibatkan Kolej Tan Sri Mustaffa Babjee. Pejabat pentadbiran Kolej Tan Sri Mustaffa Babjee terletak di blok rumah pengetua, berhadapan Blok B, Kolej Tan Sri Mustaffa Babjee. Pejabat Pentadbiran Kolej Tan Sri Mustaffa Babjee ini merangkumi pejabat Pengetua, pejabat Pengurus dan staf yang menguruskan segala urusan berkaitan pengurusan, pentadbiran dan hal ehwal pelajar.
Selain itu, Pejabat Pentadbiran Kolej Tan Sri Mustaffa Babjee juga menyediakan pelbagai perkhidmatan seperti pinjaman atau penyewaan peralatan dan kemudahan fasiliti, penyewaan bilik, pendaftaran masuk dan keluar kolej, urusan bayaran yuran dan sewaan, dan sebagainya. Pelajar boleh merujuk kepada staf kolej mengenai urusan yang ingin dilakukan dengan mengikut prosedur yang sedia ada.